تطرق البابا بنديكتوس السادس عشر خلال زيارته الى المانيا الى موضوع حساس جدا هو العلاقات مع الاسلام وعرض تأملات مشوبة بالحذر حيال ديانة اخذ عليها انها لا تدين بالشدة المطلوبة العنف الذي يمارس باسم الايمان وان "المشيئة الالهية" فيها منقطعة عن العقل.
واستند البابا الذي كان يشغل مقعدا لتدريس اللاهوت وتاريخ العقيدة في جامعة راتيسبون منذ 1969, الى فكر استاذ جامعي ليقيم تمييزا واضحا ما بين المسيحية والاسلام على صعيد العلاقة بين الايمان والعقل. وقال "ان الله في العقيدة الاسلامية مطلق السمو ومشيئته ليست مرتبطة باي من مقولاتنا ولا حتى بالعقل". واقام مقارنة مع الفكر المسيحي المشبع بالفلسفة الاغريقية, موضحا ان هذا الفكر يرفض "عدم العمل بما ينسجم مع العقل" وكل ما هو "مخالف للطبيعة الالهية".
وذكر مقطعا من حوار دار في القرن الرابع عشر بين امبراطور بيزنطي و"فارسي مثقف". ويقول الامبراطور للمثقف "ارني ما الجديد الذي جاء به محمد. لن تجد الا اشياء شريرة وغير انسانية مثل امره بنشر الدين الذي كان يبشر به بحد السيف".
واضطر الاب فيديريكو لومباردي المدير الجديد للمكتب الاعلامي التابع للحبر الاعظم مساء الثلاثاء الى التحدث الى الصحافيين ليوضح ان "البابا لم (يشأ) اعطاء تفسير للاسلام يذهب في اتجاه العنف".
غير ان بعض خبراء الفاتيكان رأوا ان البابا اراد على ما يبدو وضع شروط لحوار مع المسلمين قبل اسابيع قليلة من زيارته المقررة الى تركيا بين 28 و30 نوفمبر/تشرين الثاني. وقد عارض الكاردينال السابق يوزف راتسينغر باستمرار انضمام هذا البلد الاسلامي الى الاتحاد الاوروبي.