اعتقال الأمير الصنعاني وسجنه في قصر غمدان
كان الإمام الأمير يقوم بخطبتي الجمعة في جامع صنعاء الكبير وبتكليف من الإمام ، وفي إحدى الجمع رأى الجامع مكتظاً بمن فيه من المصلين ، وأراد لذلك الإختصار في خطبة الجمعة الأخيرة ، فأهمل ذكر الأئمة تخفيفاً على المصلين من الإطالة ، فأخذ ذلك أصحاب المصالح وسيلة لإثارة الدهماء على الأمير ، ومنهم علي بن الحسين من آل القاسم ، وعلي بن عبد الله بن القاسم ، وهما من آل الإمام ولهما في دولته نفوذهما الواسع ، فحشدوا العامة وأثاروا مشاعرها وحاولوا قتل الأمير الصنعاني لكونه لم يذكر الإمام القاسم في الخطبة ولا بقية الأئمة ، فلما بلغ ذلك المهدي عباس ، سارع في استدعاء علي بن الحسين وعلي بن عبد الله بن القاسم والإمام البدر محمد بن إسماعيل الأمير إليه ، وبعد وصولهم إلى داره أمر الأميرَ الصنعاني بالبقاء في دار الأدب ، وعهد به إلى النقيب الماس سَجَّانه في ذلك الحين ، كما أمر أيضا بسجن علي بن الحسين ، وعلي بن عبد الله بن القاسم ، وذلك عقابا لهما على محاولتهما لإثارة الفتنة واستنفار العوام ، وذلك بإهماله في خطبة الجمعة الأخيرة للإمام القاسم وغيره من الأئمة عن الذكر ، كما وجد المهدي عباس في ذلك فرصة لاعتقال الأمير بحجة الحفاظ عليه من بني عمومته والعوام من الناس ، واعتقال أبناء عمومته في نفس الوقت للتخلص من الجميع ، وذلك لأن الأمير الصنعاني أصبح خطراً يهدد كيان سلطته ، كما أن أبناء عمومته أصبحوا قوة لا يستهان بها ، فأراد التخلص من الجميع.

قال البدر الأمير مبينا أسباب إيداعه السجن :

وما حبسوني أنني جئت منكرا *** ولا أنني نافست في الحكم والكرسي
ولكنني أحييت شرعة أحمد *** وأبرزتها شمسا على العرب والفرسِ
فقال ألو الجهل المركب إنني *** أردت خلاف الآل عمدا بلا لبسِ
فقلت جهلتم مذهب الآل أنتم *** وإن طال هذا الجهل آل إلى الطمسِ
فإن أصول الآل تأبى بأنني *** أقلد كالأعمى يقاد بلا حسي
ولكنكم لا تعرفون أصولهم *** ولا الطرد فيما قرروه من العكسِ
إذا لم يكن للاجتهاد مزية *** من الجهل يا ويح العلوم من البخسِ .

الإمام المؤلف
كان البدر الأمير بحرا زاخرا من العلم والمعرفة ، ترك آثارا جليلة أغنى بها المكتبة العربية والإسلامية، من مؤلفاته:
- إجابة السائل شرح بغية الآمل بنظم الكافل (طبع ) .
- إتحاف الاعلام لما تكرر في نسخه من الأحكام.
- إتحاف الآنس في الكلام عن العلمين واسم الجنس.
- إجازة الحديث.
- أجوبة خمس مسائل.
- الأجوبة المرضية على الأسئلة العصرية.
- أجوبة مسائل أحمد بن إسحاق.
- أجوبة مسائل قاطن.
- أجوبة مسائل المحبشي.
- اجابة في حكم بيع النسيئة (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن ص33 ـ 40).
- جواب سؤال العماري في مواضع من علم الحديث (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن ص61 ـ 74).
- جواب سؤال في صلاة الجماعة . (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن 105 ـ 125).
- الأحراز لما في الأساس من كناية المجاز.
- الأحرف التي جعلها الناس لأعداد معينة . (بحث).::

- أخذ الأجرة على الصلاة والأذان.
- الادراك لضعف أدلة تحريم التنباك .
- الأدلة الجلية في تحريم نظر الأجنبية.
- أرجوزة في أصول الدين.
- إرسال المطر في شرح قصب السكر شرح منظومة نخبة الفكر
- إرشاد القاصد لأدلة قضاء صلاة العامد.
- إرشاد النقاد إلى تيسير الاجتهاد (بحث) طبع ضمن (الرسائل المنيرية)، ج4/1 ـ 47.
- إزالة التهمة ببيان ما يجوز ويحرم من مخالطة الظلمة .
- إسبال السرور من صفات الحور والغرف والقصور
- الاستظهار على البحر والمنار.
- استيفاء المقال في حقيقة الإسبال.
- الإشاعة في بيان من نهي فراقه عن الجماعة .
- الإصابة في الدعوات المجابة .
- إظهار المعنى لأحاديث ، (أن اللّه يقتص من القرناء للجماء).
- إعلام الأنباة بعدم شرطية عدالة الإمام في الصلاة .
- إفادة الأبرار في شرح حديث الأنوار.
- إقامة البرهان على جواز أخذ الأجرة على تلاوة القرآن.
- إقامة الدلائل في ايضاح الثلاث المسائل ، (طبع ضمن كتاب ذخائر علماء اليمن 75ـ 83).
- إقامة الدليل على ضعف أدلة تكفير التأويل .
- الأقتباس لمعرفة الحق من أنواع القياس .::

- إقناع الباحث بإقامة الأدلة بصحة الوصية .
- الإنصاف في حقيقة الأولياء ومالهم من الألطاف .
- الأنفاس الرحمانية على الإفاضة المدنية .
- الأنوار شرح الإيثار . (ذكره في كتابه شرح ديوان ابن الوزير).
- ايضاح الاستدلال على موجب القتال لأهل الضلال . (لعله المطبوع ضمن ذخائر علماء اليمن 155 ـ 163).
- الإيضاح والبيان في قصص القرآن .
- إيقاظ ذوي الألباب من سنة الغفلة عن أحكام الخضاب .
- إيقاظ الفكرة لمراجعة الفطرة .
- بحث حول كلمة الإستعاذة والبسملة .
- بحث في حقيقة الفقير الذي يستحق الزكاة .
- بحث في حكم من أدرك الركوع مع الإمام . (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن 133 ـ 136).
- بحث موجز في قتال أبي بكر لمانعي الزكاة . (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن 137 ـ 140).
- بحث فيما يتلى من كتاب اللّه على الأموات وما يصلهم من أجره بعد الموت . (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن ص 349 ـ 354).
- بذل الموجود في حكم الإعسار وامرأة المفقود .
- بشرى الكئيب بلقاء الحبيب.
- بغية الآمل في نظم الكافل طبع في عدن سنة 1346هـ.
- تأنيس الغريب نظم بشرى الكئيب بلقاء الحبيب .::

- التحبير لايضاح معاني التيسير .
- تحقيق طلب موسى الرؤية ـ تحقيق حول الشفاعة ـ تحقيق في جواز الضرب على التهمه من عدمه .
- التحيل لإسقاط الشفعة . (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن 141 ـ 142).
- تطهير الاعتقاد من درن الإلحاد . (طبع في القاهرة سنة 1373هـ).
- تفسير آيات { فمن زحزح عن النار }، { لا يسأل عما يفعل وهم يسألون }، { لو شاء ما أشركنا }، { وإذ قال ربك للملائكة }، { وقيل يا أرض ابلعي ماءك } ذكرها أحمد الحسيني في (مؤلفات الزيدية).
- تفسير غريب القرآن .
- تنبيه ذوي الفطن على حسن السعي لإطفاء نار الفتن .
- التفكيك لعقود التشكيك .
- التنوير في شرح الجامع الصغير .
- توضيح الأفكار على تنقيح الأنظار.
- ثمرات النظر في علم الأثر.
- جمع الشتيت في شرح أبيات التثبيت . طبع في مكة سنة1381هـ.
- حاشية البحر الزخار. (نشر العرف 2/525).
- حاشية شرح الرضي على الكافية .
- الحراسة في مخالفة المشروع من السياسة .
- حسن النبا عن مسائل تعم الربا .::

- حكاية القول في القرآن الكريم.
- حلَّ العقال عما في رسالة الزكاة للجلال من الإشكال + ذيل حلّ العقال.
- محو الحوبة في شرح أبيات التوبة
- درُّ النظم المنير من خزانة البحر الأمير 18 (ديوان شعر) ، وديوان محمد بن إسماعيل الأمير طبع في القاهرة سنة 1964م في 468 صفحة.
- الدراية على شرح العناية نظم الهداية (هداية السؤل إلى علم الأصول)، طبع مع كتاب هداية السؤل بصنعاء.
- دلالة اللفظ على المفهوم .
- ذيل الأبحاث المسددة.
- الرسالة الصادقة في الجهلة الجبرية الكاذبة .
- رسالة في الرسالة.
- رسالة في تحريم قبض السياسات .
- رفع الأستار في أدلة القائلين بفناء النار .
- الروض النضير من خطب السيد الأمير .
- الروضة الندية في شرح التحفة العلوية . طبع في الهند سنة 1322هـ، وفي صنعاء سنة 1372هـ ، في 352 صفحة وطبع مراراً.
- سبل السلام الموصلة إلى بلوغ المرام . طبع مراراً ، وأقدم طبعة له في الهند سنة 1302هـ .::

- سمط الفرائد في نظم القواعد .
- سمط اللالئ الدرية الحاوي للفوائد البدرية.
- سؤال وجوابه في حديث (الناس شركاء في ثلاث) . (طبع ضمن كتاب ذخاء علماء اليمن 145 ـ 154).
- السهم الصائب في نحر القول الكاذب.
- السيف الباتر في يمين الصابر والشاكر .
- شرح نظم ورقات الجويني.
- شرط الخبر الصحيح والعدالة في الرواية .
- شفاء الصدور بتقديم الغفور على الشكور .
- صحة صلاة المفترض خلف المتنفل .
- العدة على شرح العمدة ، نشره علي بن محمد الهندي ، القاهرة ، المطبعة السلفية سنة 1379هـ في أربعة مجلدات.
- العرف النديّ في تحقيق مذهب الإمام المهدي .
- العمارة في بيوت الأوقاف .
- غاية البيان لخصائص رمضان . (طبع ضمن ذخائر علماء اليمن ص125 ـ 131).
- غاية التنقيح في أبحاث تتعلَّق بالتحسين والتقبيح .
- فتح الخالق في شرح مجمع الحقائق.
- القول المتين في عطية السلاطين .
- القول المقبول في فيضان الغيول والسيول.
- كشف القناع في حل الجمع بين المرأة وعمتها وخالتها من الرضاع.::

- اللمعة في تحقيق شرائط الجمعة . (طبع ضمن كتاب ذخائر علماء اليمن ص41 ـ 59) .
- المسائل المرضية في بيان اتفاق أهل السنة والزيدية . طبع في جدة في 19 صفحة .
- المسائل المهمة فيما تعم به البلوى من أحكام الأمة . (طبع ضمن كتاب ذخائر علماء اليمن 91 ـ 103) .
- المسألة الثاقبه للأنظار في تصحيح أدلة فسخ المرأة بالإعسار.
- مفاتيح الرضوان في تفسير الذكر بآيات القرآن.
- المفاضلة بين الصحاح والقاموس.
- المفاخرة بين العنب والنخيل . (نشر ضمن مقامات من الأدب اليمني للحبشي) ، كما نشر له مقامة (حرق الكتب الأدبية).
- منسك الحج . طبع بالقاهرة سنة 1348هـ .
- منحة الغفار على ضوء النهار . طبع ضمن كتاب ضوء النهار.
- نصرة المعبود في الردّ على أهل وحدة الوجود.
- نهاية التحرير في الرد على قولهم ليس في مختلف فيه نكير.
- نهاية التحرير في المحرم من لبس الحرير .
- النهر الغاسل للقول الباطل.
- نظم بلوغ المرام من أحاديث الأحكام (طبع في عدن سنة 1366هـ) .
- هدية ذوي الألباب إلى كيفية الحكم بين أهل الكتاب .
- هداية السبيل إلى التوقف عن التكفير والتضليل بالتأويل
- هداية المرتاب إلى صحة نية العبادات لنيل الثواب ودفع العقاب.::

- اليواقيت في المواقيت.
- بحث في بيع النسيئه .
- صحة الطلاق بلفظ التحريم.
- نظم عمدة الأحكام من كلام خير الأنام للمقدسي ، وصل فيه إلى كتاب الجنائز .::